Τράπεζα
Η Τράπεζα είναι ένα δρομικό κτήριο που καλύπτεται από ελαφρά οξυκόρυφο θόλο. Ανατολικά απολήγει σε ημικυκλική αψίδα, το μοναδικό ίσως τμήμα του αρχικού κτηρίου της Τράπεζας που θα μπορούσε να χρονολογηθεί τον 11ο αιώνα. Το υπόλοιπο κτήριο είναι αποτέλεσμα συνεχών επεμβάσεων και μετασκευών. Στο εσωτερικό της Τράπεζας διατηρείται τραπέζι μήκους 15,70 μ., που κοσμείται από μαρμαροθέτημα με γεωμετρικά θέματα από πολύχρωμα μάρμαρα και αποτελεί το αυθεντικό τραπέζι του 11ου αιώνα.
Το κτήριο της Τράπεζας αποκαταστάθηκε στο πλαίσιο του Β κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης. Οργανώθηκε σε μουσειακό χώρο στο πλαίσιο του έργου «Μουσειακός Χώρος Τράπεζας Νέας Μονής Χίου» του Γ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Βορείου Αιγαίου (2000-2006). Εκτός από το βασικό έκθεμα, που είναι το ίδιο το τραπέζι με το μαρμαροθέτημά του, σήμερα ο χώρος της Τράπεζας φιλοξενεί βυζαντινά γλυπτά του 11ου αιώνα, που προέρχονται από το καθολικό, αγγεία από το δώμα της κινστέρνας και τμήματα αποτοιχισμένων τοιχογραφιών, που προέρχονται από τον εξωνάρθηκα του καθολικού και από την ίδια την Τράπεζα. Η έκθεση υποστηρίζεται από εποπτικό υλικό, όπως επεξηγηματικά σχέδια και φωτογραφίες που αφορούν στο ιστορικό πλαίσιο και στην αρχιτεκτονική της Μονής, στον ψηφιδωτό και ζωγραφικό διάκοσμο του καθολικού, καθώς και στο ιστορικό των εργασιών συντήρησης και ανάδειξης του μαρμαροθετήματος του κτιστού τραπεζιού.
Ο Πύργος
Στο δυτικό άκρο της Μονής και σε απόσταση ενενήντα μέτρων από το καθολικό βρίσκεται ο Πύργος. Όπως και σε άλλα μοναστικά συγκροτήματα, ο Πύργος χρησίμευε ως το τελευταίο καταφύγιο των μοναχών σε περίπτωση κατάληψης της μονής. Πρόκειται για ένα πανύψηλο, διώροφο, ορθογωνίου σχήματος κτήριο, χτισμένο στο πιο ψηλό σημείο της περιοχής. Τα σημερινά κατάλοιπα του Πύργου είναι του 11ου αιώνα και των Γενουατικών χρόνων. Ο Πύργος έχει ορθογώνια κάτοψη. Αρχικά ήταν τριώροφος, σήμερα όμως σώζεται μόνο το ισόγειο και ο ένας όροφος χωρίς στέγαση. Το αρχικό ύψος πιθανότατα έφτανε στα 20 μέτρα. Η τοιχοποιία του συνίσταται σε αργολιθοδομή με την παρεμβολή πλίνθων.

Κωδωνοστάσιο
Κοντά στο καθολικό βρίσκεται η μικρή θύρα του Καμπαναριού ή Κωδωνοστασίου. Είναι τετραγωνικού σχήματος κτίσμα με τρεις ορόφους, που κατασκευάσθηκε το 1900. Στον τελευταίο όροφο έφερε τοξωτά ανοίγματα, ένα για κάθε πλευρά του, όπου κρέμονταν τέσσερις καμπάνες με κατεύθυνση προς τα τέσσερα σημεία του ορίζοντα. Στο κωδωνοστάσιο υπήρχαν δύο μεγάλα ρολόγια, το ένα για να μετρά τις εικοσιτέσσερις ώρες του ημερονυκτίου και το άλλο δώδεκα και δώδεκα. Οι ώρες χτυπούσαν στη μεγαλύτερη καμπάνα και ακουγόταν πολύ μακριά. Το ύψος του έφτανε το ύψος του καθολικού και είχε μολυβδοσκέπαστο τρούλο με σιδερένιο σταυρό.
Ο Σημαντήρας της Μονής, που σήμερα μόνο ένα μικρό τμήμα του σώζεται, βρίσκεται στη βόρεια είσοδο του εσωνάρθηκα. Τα κτιστά του θρανία δείχνουν ότι το κτίσμα χρησίμευε και για την προστασία της Εισόδου του καθολικού από τις καιρικές συνθήκες, αλλά και για αναπαυτήριο και ως ημιυπαίθριος χώρος συγκεντρώσεων για αρκετά άτομα. Η προφορική παράδοση διασώζει ότι εδώ γίνονταν άλλοτε οι οικονομικές συναλλαγές της μοναστικής κοινότητας. Η ονομασία Σημαντήρ ή Σημανταράς δείχνει ακόμη μια χρήση του χώρου. Από τα τόξα του κρέμονταν ξύλινα ή μεταλλικά σήμαντρα, με τα οποία ρυθμιζόταν η μοναχική ζωή στα χρόνια της οθωμανικής κυριαρχίας.

Οι ναοί
    Εντός του περιβόλου του μοναστηριακού συγκροτήματος, εκτός των άλλων κτηρίων διατηρούνται και δυο μικροί ναοί: ο ναός του Τιμίου Σταυρού στα νότια της σημερινής πύλης και ο ναός του Αγίου Παντελεήμονος στα δυτικά του καθολικού.
    Ο ναός του Τιμίου Σταυρού χτίστηκε κατά την πρώτη δεκαετία του 20ου αιώνα μετά τον σεισμό του 1881. Πιθανόν χτίστηκε ως παρεκκλήσιο της εισόδου αλλά μπορεί να χρησιμοποιήθηκε και ως χώρος στον οποίο επιτρεπόταν η είσοδος σε γυναίκες για την προσκύνηση των λειψάνων και την ανάγνωση της ευχής ή παρακλήσεως. Το άβατον ίσχυε έως το πρώτο τέταρτο του 20ου αιώνα.
Ο κυρίως ναός είναι τετράγωνος με προσαρτημένο στα ανατολικά το ιερό με την ημικυκλική αψίδα. Στη βόρεια και νότια πλευρά ανοίγονται οι δυο θύρες με αετωματικές επισκέψεις. Ο χώρος στεγάζεται με οκτάπλευρο τρούλο, που φέρεται σε τέσσερα ημιχώνια. Η τοιχοποιία συνίσταται σε αργολιθοδομή. Η βόρεια πλευρά είναι επενδυμένη με μαρμάρινες πλάκες.
Ο ναός του Αγίου Παντελεήμονος κατασκευάστηκε για να καλύψει τις λειτουργικές ανάγκες των μοναχών μέχρι την αποκατάσταση των ζημιών που υπέστη το καθολικό από τον σεισμό του 1881. Βρίσκεται στα δυτικά του καθολικού, στον δρομίσκο που οδηγεί προς τον πύργο. Ο ναός είναι μονόχωρος δρομικός καμαροσκέπαστος με στέγη που απολήγει σε ημιεξαγωνική αψίδα. Εσωτερικά στους πλάγιους τοίχους ανοίγονται τυφλά αψιδώματα στο πλάτος της τοιχοποιίας. Ο κυρίως ναός διαχωρίζεται από το ιερό με ένα απλής μορφής ξύλινο τέμπλο.

Κινστέρνα
Η κινστέρνα βρίσκεται στα βορειοδυτικά του καθολικού. Είναι υπόγεια δεξαμενή και χρησίμευε για τη συγκέντρωση των νερών της βροχής. Ήταν η αποθήκη του νερού για τους μοναχούς. Το μήκος της είναι δεκαοχτώ μέτρα και το πλάτος δώδεκα. Καλύπτεται με θολωτή στέγη, η οποία στηρίζεται σε μικρούς θόλους και κάθε θόλος σε δύο σειρές κιόνων. Η πρόσοψη είναι στολισμένη με κεραμοπλαστικό διάκοσμο και προστατευτικούς σταυρούς. Οι Τούρκοι την εποχή  της σκλαβιάς την ονόμαζαν υπόγειο ανάκτορο κι αποτελεί ένα μοναδικό στο είδος του μνημείο.

Κελιά
Στη βόρεια πλευρά της μονής και έξω από το τείχος σώζεται σε
κακή κατάσταση μεγάλος αριθμός κελιών και άλλων, βοηθητικού χαρακτήρα, κτισμάτων. Χρησίμευαν ως αποθήκες ή κατοικίες μοναχών ή τεχνιτών. Οι τεχνίτες αυτοί εξυπηρετούσαν τους μοναχούς και την λειτουργία της μοναστικής κοινότητας, όπως για παράδειγμα ράφτες, υποδηματοποιοί και άλλοι. Υπήρχαν ακόμη εργαστήρια για την επεξεργασία αγροτικών προϊόντων. Σήμερα σώζεται επίσης μια μεγάλη πέτρα ελαιοτριβείου, μαρτυρώντας την ύπαρξη ελαιοτριβείου στη μονή.